Canelones cuenta con un Plan Estratégico de Calidad de Agua, que incluye la implementación de programas de monitoreo, fundamental para evaluar el impacto sobre la calidad del agua de las políticas territoriales y las acciones llevadas a cabo en las cuencas del departamento. 

Las presiones a las que se encuentran sometidos los sistemas acuáticos canarios por los asentamientos urbanos y la actividad económica exigen aumentar las medidas de control y elaborar planes de gestión de los recursos hídricos que permitan la recuperación de los ecosistemas deteriorados. En este sentido la intendencia de Canelones viene implementando distintos programas de monitoreo y control ambiental de los recursos ambientales del territorio. 

• Programa de Monitoreo del Río Santa Lucía y Arroyos Canarios 
• Programa de Monitoreo de Playas 
• Programa de Monitoreo de Lagos de Ciudad de la Costa y Paso Carrasco 
• Programa de Monitoreo de Laguna del Cisne 
• Sistema de monitoreo automático de calidad de agua 
• Programa de Monitoreo Participativo 
• Programas de Educación Ambiental